1996年淮宿分治，原淮陰市兩名九三社員陸續調入宿遷工作，2003年9月16日，宿遷共有九三社員8名，九三學社宿遷支社經九三江蘇省委蘇社字【2003】42號文批準成立，隸屬于九三學社江蘇省委，2003年9月26日召開支社成立大會。2004年6月社員發展到36名,中共宿遷市委同意成立九三學社宿遷市委籌委會和主任委員建議人選。2005年7月，共有社員44人，支社的組織規模和社員素質均達到了成立市委的要求，宿遷市委統戰部報請省委統戰部批準同意成立九三學社宿遷市委籌委會，2005年8月18日省委統戰部下文同意成立九三學社宿遷市委員會籌委會，任命陳菊蘭同志為主任委員，肖大松、張旭為委員。2005年11月2日，社省委九三蘇發【2005】53號文批復同意成立四個支社及支社領導班子人選，要求按有關規定做好選舉工作。2005年11月8日，召開籌委會成立大會。

2007年6月25日九三學社宿遷市委員會召開成立大會（暨第一次代表大會），共有社員70名，曹成同志當選主任委員，肖大松、張旭當選副主任委員。2011年12月22日上午，九三學社宿遷市委員會召開第二次代表大會，參會代表60人，武倩同志當選主任委員，張旭、陸紅梅當選副主任委員。2016年11月11日，九三學社宿遷市委員會召開第三次代表大會，參會代表70人，武倩同志當選主任委員，張旭、陸紅梅當選副主任委員。2021年11月18日，九三學社宿遷市委員會召開第四次代表大會，參會代表70人，武倩同志當選主任委員，張旭、馮霄明、張德順當選副主任委員。