▲1946年在重慶的許德珩一家

1938年10月，在國民黨軍事委員會第六部任設計委員的許德珩到重慶參加國民參政會。這時，廣州、武漢已經淪陷，日本對國民黨遂采取政治誘降為主、軍事打擊為輔的方針。汪精衛在會上大放“和平”厥詞，受到許多參政員的反對。參政員、愛國華僑陳嘉庚從新加坡發來“電報提案”：“官吏談和平者以漢奸論罪！”字數寥寥，意義極大。許德珩稱其為“偉大的提案”，并在提案上簽名，隨后有20多名參政員也簽了名，因而該提案合法地成為正式提案列入大會議程。后來，由于汪精衛的操縱，會議對提案作了修正，變成了“在日寇未退出我國土前，公務員不得言和案”而予以通過。

同年12月，汪精衛公開叛國投敵。后來陳公博等也在上海附逆。許德珩在國民參政會一屆四次會議上提出，亂臣賊子，人人得而誅之，請追拿汪逆及附逆諸漢奸歸案法辦。由于得到許多參政員的聯署，大會通過決議，向全國發出了《聲討汪逆兆銘電》。

1940年4月1日，參政會一屆五次會議召開。許德珩在會上就加強團結、停止摩擦發表了談話，指出：“團結與抗戰這是不可分割的問題?！薄跋Ｍ罱l生的某些摩擦問題（指國民黨軍隊向八路軍、新四軍進攻問題），能夠早日獲得圓滿解決?！?/span>

1941年1月，以皖南事變為標志，國民黨發動了第二次反共高潮。與此同時，在國統區的進步文化界、教育界人士也受到各種鉗制和迫害。經濟學家馬寅初因為抨擊官僚資本發國難財而被監禁，鄒韜奮辦的生活書店及成都、桂林、昆明、貴陽等處的分店，均在半個月內被查封或勒令停業。為此，鄒韜奮找到許德衡，表示要辭去參政員。許德珩勸他不要走，要利用參政會這個講壇揭露國民黨當局的反動罪行，宣傳團結與民主。

同年春，周恩來在重慶俄國餐廳約請部分民主人士吃飯。張瀾、沈鈞儒、黃炎培、許德珩、羅隆基、張申府、梁漱溟等均被約請。周恩來說，當前人民群眾和各黨各派對國民黨的一黨專政強烈不滿，有必要伸張民主、反對獨裁。大家經過討論研究，認為有必要組織起來，于是成立了中國民主政團同盟。許德珩被推選為民主政團聯盟聯絡部副部長。

1944年，日軍向我國南方侵略。由于國民黨的腐敗，豫湘桂戰役“喪師失地”，丟失了146座城市、總計20多萬平方公里的土地，使6000多萬同胞淪于日軍鐵蹄之下。在國內外輿論的譴責聲中，國民參政會三屆三次會議于9月在重慶召開。9月15日，中共代表在會上提出廢除國民黨一黨專政，建立民主聯合政府的主張。

10月10日，周恩來發表《如何解決》的演講，進一步闡明中共提出的成立民主聯合政府的步驟和方法。此后，國民黨統治區里掀起了廣泛的民主運動。國內各界人士紛紛發表文章，贊同中共主張。重慶各民主黨派和愛國人士代表張瀾、沈鈞儒、馮玉祥等以及董必武共500余人集會，要求實行民主，結束國民黨一黨專政。宋慶齡、郭沫若等發起追悼文化界愛國人士鄒韜奮大會，有數千人參加。許德珩堅決擁護中共主張，并為之實現而奮斗。

1945年8月15日，日本宣告無條件投降，抗日戰爭取得了勝利。9月3日是抗日戰爭勝利紀念日，舉國上下，普天同慶。這一天，民主科學座談會的科技界、教育界、文化界人士許德珩、勞君展夫婦、黃國璋、潘菽、褚輔成、稅西恒、梁希等在重慶青年會舉行了慶祝勝利座談會。座談會上，有人提議，今天是打敗日本帝國主義、日本向盟國簽訂降書的日子，意義重大，千載難逢。民主科學座談會這個名稱政治意義不強，應當改一個政治意義較強的名稱。經過大家研究，會上一致同意，改名為九三座談會。后來又成立了九三學社籌備會。

此時正逢毛澤東到重慶談判。許德珩得知后高興得夜不成寐。隨后，他向徐冰表示想見毛澤東。9月下旬，毛澤東在紅巖嘴八路軍辦事處，約許德珩、勞君展夫婦吃午飯。一見面，毛澤東就拉著二人的手說：“真想不到我們在這里見面了！”他們一起回顧了往事后，許德珩向毛澤東匯報了民主科學座談會的情況，毛澤東勉勵他，要把座談會搞成一個永久性的政治組織，“人數少不要緊，你們都是些有影響的代表性人物，經常在報紙上發表意見和看法，不是也起到很大的宣傳作用嗎？”在毛澤東的啟發下，許德珩決心把民主座談會改組成一個永久性的政治組織。

重慶談判后，國共雙方簽署了《國共會談紀要》即《雙十協定》，其迫使國民黨承認了和平團結的方針和人民的某些民主權利，確定召開各黨各派代表人士參加的政治協商會議。1946年1月8日，許德珩和褚輔成、稅西恒邀重慶學術界人士20多人舉行九三座談會。一致認為：政治協商會議必須完全公開，只許成功，不許失敗。會議決定籌組九三學社，聲援出席政協會議各代表，完成他們所負的歷史任務。在政協會議期間，九三學社籌備會發表了《對政治協商會議之意見》，談了開放政權、民主與自由權等十大問題，并發表在1月18日重慶各報。

經過斗爭，政協會議通過了五項決議，其內容在不同程度上有利于人民而不利于國民黨反動統治。重慶各界人士非常振奮，多次舉行講演會和慶祝會等，但國民黨派出特務搗亂，制造了滄白堂事件和校場口血案。許德衡聞訊后，即去慰問被打傷的郭沫若、李公樸、施復亮等。

1946年4月1日，蔣介石公然撕毀停戰協議和政協決議。4月8日，九三學社發表對東北問題的書面意見，主張“東北政權自應由東北人民用民主方式，自行決定”。

5月4日，九三學社在重慶青年會大廈舉行成立大會，選舉潘菽、張雪巖、褚輔成、許德珩、稅西恒、黃國璋等16人為理事、梁希、盧于道、劉及辰等被推為黨務監事。會議決定設總社于京滬區，設分社于重慶、武漢、成都、昆明、香港、廣州、北平、天津等地，要求立即停止東北及其他各地內戰，取消黨化教育，切實采取徹底改善全國一切公私立小中大學都職員物質生活及精神生活之有效辦法。

九三學社成立后，許德珩于5月14日由重慶飛抵北平，在北京飯店晤見了徐冰，決定應聘北京大學教授，勞君展仍留在重慶任女子師范學院院長。接著，許德珩前往南京，那里發生了“下關慘案”，馬敘倫等10位民主人士被國民黨軍警打傷。九三學社立即對時局和馬敘倫等被毆打發表聲明。6月27日，九三學社向受傷諸先生發出慰問電。內稱：“此次諸先生為呼吁和平或采訪新聞，竟遭兇毆，實堪憤慨，尚望加意調養，早復健康，繼續為和平運動努力奮斗，本社同人誓作后盾。特電奉慰，諸命鑒察?！痹S德珩并請在上海的九三學社理事笪移今代表他向受傷的馬敘倫、閻寶航、雷潔瓊等進行慰問。

6月26日，國民黨向中原解放區大舉進攻，挑起了全面內戰。9月3日，九三學社中央遷到北平，在重慶、成都、上海、南京分別成立分社。九三學社中央遷到北平后，團結了一批進步的和中間的教授及其他高級知識分子，同各民主黨派及其他民主人士一起，積極擁護中共的方針、政策、反對國民黨集團的反動統治，在反內戰、反饑餓、反迫害等愛國民主運動中，做了很多工作，起了很大作用。