九三學社是以科學技術界高、中級知識分子為主的具有政治聯盟特點的政黨，是接受中國共產黨領導、同中國共產黨通力合作的親密友黨，是進步性與廣泛性相統一、致力于中國特色社會主義事業的參政黨。
九三學社前身為抗日戰爭后期一批進步學者發揚五四運動反帝反封建的愛國精神，以民主、科學為宗旨，在重慶組織的“民主科學座談會”，后為紀念1945年9月3日抗日戰爭和世界反法西斯戰爭的偉大勝利，改建為九三學社。1946年5月4日，九三學社成立大會在重慶正式召開。大會發表了《九三學社緣起》、《成立宣言》、《基本主張》、《對時局主張》等文件，選舉許德珩等16人為理事，梁希等8人為監事。國共和談和舊政協期間，九三學社支持中國共產黨的主張，反對內戰，反對獨裁。解放戰爭期間，九三學社嚴正聲明不承認偽“國民大會”，贊成中國共產黨的各項主張，與中國共產黨團結合作，積極參加反對國民黨獨裁統治的民主運動，為爭取新民主主義革命的勝利而斗爭。
1949年1月，九三學社發表宣言，響應中共中央 “五一”號召和毛澤東的八項和平主張，擁護召開新政治協商會議。1949年9月，九三學社代表許德珩等參加了中國人民政治協商會議第一屆全體會議，參與了《共同綱領》的制定、中央人民政府的組成和中華人民共和國的建立，為建立新中國作出了積極貢獻。九三學社領導人梁希擔任了林墾部部長，許德珩擔任了政務院法制委員會副主任委員。
新中國成立后，九三學社以中國人民政治協商會議《共同綱領》和政協章程總綱作為自己的政治綱領，積極參與國家政治生活中重大問題的協商，組織成員參加民主改革和社會主義改造運動，為發展科學技術、教育和醫藥衛生等事業作出了重要貢獻，走上了為社會主義服務的道路。
中共十一屆三中全會之后，在鄧小平理論的指引下，九三學社進一步明確了性質、地位和作用，以經濟建設為中心，堅持四項基本原則，堅持改革開放，履行參政議政、民主監督職能，為建設中國特色社會主義事業作出了顯著成績。近年來，九三學社緊緊圍繞發展這個第一要務，就非典防治、加大三江源地區生態保護力度、解決國有企業退休科技人員待遇、引導和鼓勵高校畢業生到基層就業、改進我國醫療衛生工作等重大問題，深入調查研究，積極建言獻策，為制定有關政策提供了重要依據；充分發揮科技界人才密集的優勢，圍繞提升企業自主創新能力、實施國家知識產權戰略等課題進行調研，提出了許多有價值的意見和建議，為我國科技創新和發展提供了有益參考；通過舉辦各種論壇和研討活動，就知識經濟與高技術產業發展、糧食安全、傳統文化、生態富民等問題進行深入探討，努力開拓參政議政的新領域；重視同地方合作，著力打造九三學社同地方合作的品牌，實現了從單一支邊扶貧到全方位為地方經濟社會發展作貢獻的轉變；多渠道、多層次開展海外聯絡工作，為促進祖國和平統一積極貢獻力量。
半個多世紀以來，九三學社秉承愛國、民主、科學的優良傳統，同中國共產黨在爭取民族獨立和人民解放的宏偉事業中風雨同舟，在社會主義革命和建設的歷史進程中攜手前進，在改革開放和社會主義現代化建設的偉大實踐中團結奮斗，發展成為一支建設中國特色社會主義事業、維護國家安定團結的重要力量。
九三學社在現階段的基本任務是：堅定不移地堅持社會主義初級階段的基本理論、基本路線、基本綱領和基本經驗，貫徹執行“長期共存、互相監督、肝膽相照、榮辱與共”的方針，維護寬松穩定、團結和諧的政治環境，高舉愛國主義、社會主義旗幟，團結全體社員和所聯系的知識分子，牢牢把握發展這個第一要務，不斷解放思想，堅持改革開放，推動科學發展，促進社會和諧，為實現新世紀新階段全面建設小康社會、加快推進社會主義現代化、開創中國特色社會主義新局面的奮斗目標，為實現推進現代化建設、完成祖國統一、維護世界和平與促進共同發展的新世紀三大任務貢獻力量。
九三學社中央歷任主席為許德珩、周培源、吳階平、韓啟德。現任主席武維華。
1951年1月南京地方組織成立，1952年11月正式成立九三學社南京分社。
九三學社南京市委員會成立于1984年5月4日。
九三學社南京市委員會是南京市政協組成單位之一。1984年以來，在中共南京市委和九三學社江蘇省委的領導下，認真學習貫徹黨的路線、方針和政策，積極開展社的各項工作。在堅持四項基本原則，維護安定團結，鞏固和發展愛國統一戰線等方面發揮了積極作用。多年來，市委會積極參與了南京市的大政方針和經濟建設、人民生活相關的一些重大問題決策的協商；積極調查研究建言獻策。市委會堅持實事求是的原則，發揮多學科的群體優勢，開展多渠道、多形式的科技服務。為推進祖國統一大業，積極開展海外聯絡工作，在牽線搭橋，引進外資和技術方面發揮了重要作用。
近年來，先后獲得社中央授予的“學習踐行社會主義核心價值體系全國先進集體”、“第二十四屆國際科學與和平周活動突出貢獻獎”、“組織建設先進集體”、“2011-2015年全國社會服務工作先進集體”等榮譽稱號。
目前共有社員一千余人。現有各級人大代表、政協委員一百余名，他們積極參加人大和政協的會議和活動，認真履行職責；還有各類特約員十余名。廣大成員在各自的崗位上做出了許多貢獻，取得了優異成績。有的同志榮獲部、省級獎勵和"勞模"、"先進工作者"、"有突出貢獻的專家"等光榮稱號。
九三學社南京市委員會歷屆主要領導
第一屆委員會主 委：李慶逵
副主委：姜虹飛
第二屆委員會主 委：李慶逵
副主委：姜虹飛、許正權、姚百良
第三屆委員會主 委：姜虹飛
副主委：陶基振、姚百良、程璟
第四屆委員會主 委：穆西南
副主委：姚百良、程璟、孫則禹、金光復（1998.9增補）
第五屆委員會主 委：穆西南
副主委：孫則禹、金光復、林林
第六屆委員會主 委：嚴俊(2006.12-2008.05) 許仲梓(2008.05-2010.7)李奇(2010.7-2011.12)
副主委：蒯建華、林林、楊明華
第七屆委員會主 委：李奇
副主委：蒯建華、林林、楊明華、徐祥
第八屆委員會主 委：李奇
副主委：蒯建華(2017.1-2018.11)、孫百軍(2017.1-2020.5)、周黎麗、王小姍、盛儉(2018.11-)、孫麗（2020.10-）